Các nghiên cứu trong nước và quốc tế đều đã chứng minh vai trò thực sự quan trọng của hệ thống kiểm soát nội bộ (HTKSNB) trong các doanh nghiệp nói chung và đặc biệt là các ngân hàng – đối tượng dễ bị tổn thương bởi những biến động của môi trường bên trong và bên ngoài. Một HTKSNB hữu hiệu được cho là sẽ giúp các ngân hàng hoạt động giảm thiểu rủi ro, an toàn và hiệu quả. Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Việt Nam (Agribank) là một trong bốn ngân hàng thương mại (NHTM) nhà nước, là ngân hàng lớn nhất trong hệ thống về quy mô tài sản, nguồn vốn, mạng lưới hoạt động, số lượng nhân viên, số lượng khách hàng... Tuy nhiên, Agribank cũng gặp nhiều rủi ro trong hoạt động và một trong những nguyên nhân được xác định là do lỗ hổng kiểm soát vì vậy Agribank cần hoàn thiện HTKSNB. Bài viết nhằm xác định các nhân tố ảnh hưởng đến sự hữu hiệu của HTKSNB tại NHTM và đồng thời đo lường mức tác động của từng nhân tố đến HTKSNB tại Agribank để ngân hàng này có định hướng hoàn thiện HTKSNB. Kết quả cho thấy các nhân tố tác động đến sự hữu hiệu của HTKSNB theo mức độ quan trọng giảm dần là đánh giá rủi ro, môi trường kiếm soát, thông tin và truyền thông, hoạt động kiểm soát và giám sát.